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保存したデータが必要以上に増えないようにライフサイクルルールで指定した日数を経過したデータは削除する設定にしていましたが、後日改めてバケットを確認するとフォルダ、ファイルどちらも削除されていました。フォルダは残したまま中に入っているファイルだけが削除されるのを想定していましたが、S3にはフォルダという概念が無くフラットな構造になっているため、フォルダも一つのファイルという扱いで削除の対象になってしまっていたことが原因でした。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonS3/latest/userguide/using-folders.html
ライフサイクルルールの編集
フォルダは残してファイルだけを削除対象にするために、削除するデータの最小オブジェクトサイズを1バイトに設定して0バイトのフォルダは削除対象から外れるようにライフサイクルルールを変更します。（フォルダを削除対象から外す方法は他にもプレフィックスで指定する方法などもありますが、今回は簡単かつ汎用的に設定できる方法を選択しました）
最小オブジェクトサイズが1バイトに設定されました。
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